La conca baixa del Ter s’obre al mar entre les Gavarres i el Montgrí. Comença després del Congost de Sant Julià de Ramis, per on el riu davalla a la plana empordanesa i acaba a les platges de Pals-l’Estartit. Colomers és al costat esquerre, a 18 km de la seva desembocadura, edificat en un puig i s’estén a les terrasses formades pel riu i el torrent de Vilopriu.
El terme, de 4,3 km², el més petit del Baix Empordà, limita al nord amb Vilopriu; al sud, a l’altra banda del riu, amb el terme de Foixà, amb el poblet de Sant Llorenç de les Arenes. A l’est hi ha Jafre i Garrigoles, i a ponent Sant Jordi Desvalls i Gaüses (terme de Vilopriu).
